Après avoir obtenu l'agrégation d'histoire, Jacqueline Lalouette a été nommée professeur à l'École normale d'instituteurs de Melun (Seine-et-Marne), où elle a enseigné de 1973 à 1985, avant de devenir chercheur au CNRS (1985-1995). Titulaire d'une thèse de 3e cycle (1974), elle a soutenu sa thèse d'État en 1995, ces deux thèses ayant été dirigées par Maurice Agulhon. Portant sur La libre pensée en France, sa thèse d'État a été publiée par les éditions Albin Michel sous le titre, La Libre Pensée en France. 1848-1940 (1997 et 2001). De ce sujet, peu traité avant elle, Jacqueline Lalouette est passée à l'étude des rapports complexes de l'Etat et des cultes avec La République anticléricale (Seuil, 2002) ; La séparation des Eglises et de l'Etat. Genèse et développement d'une idée. 1789-1905 (Seuil, 2005) ; La République et l'Eglise : images d'une querelle (ouvrage en collaboration avec Michel Dixmier et Didier Pasamonik, La Martinière, 2005) ; L'Etat et les cultes ; Histoire de l'anticléricalisme en France (Que Sais-Je ?, 2020). Elle s'est aussi intéressée à la symbolique festive officielle dans Jours de fêtes, jours fériés et fêtes légales dans la France contemporaine (Seuil, 2010), deux cents ans de fêtes religieuses ou patriotiques qui ont forgé l'identité nationale, un ouvrage utile quand beaucoup s'interrogent sur la pertinence de tant de jours chômés en période de crise économique ou de fêtes religieuses dans une société laïcisée qui en a parfois oublié la signification. Son intérêt s'est ensuite porté sur Jean Jaurès, avec Jean Jaurès. L'assassinat, la gloire, le souvenir (Perrin, 2014) et sur la statuaire publique, avec Un peuple de statues. La représentation sculptée des grands hommes. France. 1801-2018 (Mare et Martin, 2018) et Les statues de la discorde (Passés/composés, 2021). Elle travaille actuellement sur l'identité républicaine de la France. Elle a par ailleurs édité divers textes et dirigé ou co-dirigé un certain nombre de colloques.