Jean Chélini a placé sa carrière sous un double signe, celui du Moyen Age dont cet ancien assistant de Georges Duby est l'un des meilleurs spécialistes et l'histoire religieuse immédiate, tout particulièrement vaticane. Aussi n'a-t-il pas hésité à interrompre sa carrière universitaire, commencée à Aix en Provence puis à Montpellier, pour devenir correspondant de presse à Rome pendant le concile Vatican II puis à chaque grand moment de la vie de la papauté. Ses articles ont été réunis en livre, Chroniques romaines, qui disent aussi l'amour de son auteur pour la Ville éternelle. De retour en France, c'est dans le cadre de la faculté de droit et de l'institut d'études politiques d'Aix-en Provence qu'il a choisi d'enseigner. Pionnier des recherches en sociologie religieuse initiées par Gabriel Le Bras, il a créé à Aix et dirigé l'institut de droit et d'histoire canoniques. Il s'intéresse également à la place des laïcs dans l'Eglise. Son Histoire religieuse de l'Occident médiéval est connu de tous les étudiants médiévistes, mais il a aussi consacré plusieurs ouvrages à une histoire plus récente : L'Eglise sous Pie XII. La tourmente, 1939-1945 ou Benoit XVI l'héritier du concile.