Dominique Iogna-Prat, dont les parents sont d'origine italienne, est né dans une région, l'ouest de la France, où, selon ses propres termes, la culture, c'est l'Eglise. Attiré par le journalisme, il publie quelques articles dans la rubrique culture de Ouest France mais son passage à La tribune médicale le déçoit et il s'inscrit en licence d'histoire. La lecture d'un ouvrage de Pierre Legendre, psychanalyste et spécialiste du droit canonique lui fait découvrir la pénitence au XIè siècle, et il en fait son sujet de maitrise. Il décide de se spécialiser en histoire religieuse médiévale, se remet au latin, apprend l'allemand, la philologie, la liturgie et s'initie aux méthodes de la recherche. Agrégé en 1977, pensionnaire de la Fondation Thiers, il commence une thèse sur Saint Mayeul de Cluny qu'il soutient en 1984 et entre l'année suivante au CNRS où il travaille sur l'emprise du religieux sur le social et oriente ses travaux dans la direction d'une économie chrétienne. Il découvre également que l'Eglise médiévale assoit son pouvoir sur l'exclusion, juifs, musulmans et tous ceux qu'elle désigne comme hérétiques. Ordonner, c'est exclure est l'un de ses livres les plus importants. Il s'intéresse aussi à l'Eglise bâtisseuse avec La Maison-Dieu qui remporte le prix Guizot de l'Académie française en 2006.