Jean-Daniel Causse descend d'une vieille famille protestante cévenole par son père, mais sa mère était catholique. Après un bac scientifique qui, dit-il, l'aide à structurer sa pensée, il commence des études de théologie protestante et devient pasteur en 1985. Il a à peine 23 ans, le plus jeune pasteur en fonction en France, mais hérite d'une large paroisse qui de Tarbes rayonne jusqu'à Lourdes. Passionné de recherche théologique, il fréquente la bibliothèque du monastère bénédictin de Tarbes, puis est nommé à Montpellier où il entreprend une thèse qu'il soutiendra à Strasbourg en 1996. Il prend alors la chaire d'éthique de la faculté de théologie protestante, qu'il occupe encore aujourd'hui. Parallèlement il a entamé une démarche d'analyse qu'il conclut par un diplôme de psychanalyse qui lui permettra en 2007 de devenir professeur de psychanalyse à l'université. Il est également professeur invité à l'université Laval de Québec, l'université protestante de Yaoundé au Cameroun et les facultés protestantes de Genève et Neuchâtel. Outre une Introduction à la théologie systématique, Jean-Daniel Causse dont les amis disent qu'il travaille trop, a écrit plusieurs essais, dont l'un, écrit en collaboration avec son collègue Elian Cuvillier, met en parallèle Mythes grecs et mythes bibliques.