Marie Balmary ne regrette en définitive pas que l'université ait refusé le sujet de thèse de doctorat qu'elle proposait, La prise de conscience : ce refus l'a, dit-elle, libérée de tout programme et a ouvert des chemins d'errance. Tout en pratiquant la psychanalyse en cabinet privé, elle s'est orientée vers des recherches en direction des mythes fondateurs de l'humanité et de la psychanalyse. Après L'homme aux statues, en 1979, qui explique l'élaboration de plusieurs théories de Freud par la découverte d'une histoire familiale occultée, elle a proposé une lecture nouvelle du mythe d'OEdipe qui joue un si grand rôle dans l'oeuvre du père de la psychanalyse. Plus tard, elle s'est mise à lire, toujours avec d'autres chercheurs, les évangiles - en traquant dans les traductions courantes les détournements moralisateurs dont elle pouvait constater, dans son cabinet, les redoutables effets ; sa démarche a été comparée à celle de René Girard. En 2005, elle a publié un livre d'entretiens, Le moine et la psychanalyste avec un bénédictin, Marc-François Lacan qui n'est autre que le frère du psychanalyste Jacques Lacan.