Marianne Carbonnier-Burkard s'est spécialisée dans l'histoire moderne du protestantisme, qui va de la Réforme à 1789. Elle l'a enseignée principalement à la faculté de théologie protestante de Paris. Elle s'intéresse particulièrement aux Camisards qui à la révocation de l'Edit de Nantes continuèrent à pratiquer leur religion dans les Cévennes et combattirent vaillamment les troupes royales avant de succomber. Marianne Carbonnier Burkard est conservatrice du Mas Soubeyran, le Musée du désert et participe tous les ans à l'Assemblée au désert commémorative du premier dimanche de septembre. Son livre Comprendre la révolte des Camisards raconte l'histoire de ces combattants de la liberté religieuse. Elle a aussi collaboré à la monumentale Histoire des protestants en France de Patrick Cabanel et écrit une étude sur Calvin.